A lo largo del tiempo, INDESMAR ha venido desarrollando alianzas estratégicas con diversas instituciones con la finalidad de fortalecer los servicios que ofrece. Entre las instituciones más destacadas y los registros a los que pertenece tenemos:

• COMISIÓN INTERAMERICANA DE PUERTOS (CIP) DE LA ORGANIZACIÓN DE LOS ESTADOS AMERICANOS (OEA).
  Institución cooperante en el desarrollo de asesorías, consultorías y capacitaciones realizadas por INDESMAR. Miembro Asociado.
  
  
• COMITÉ TÉCNICO CONSULTIVO SOBRE OPERACIONES PORTURIAS (CTCOP) DE LA CIP OEA, SEDE EN MEXICO.
  Institución que asesora a la Comisión Interamericana de Puertos sobre los múltiples aspectos relacionados con las operaciones portuarias a fin que las autoridades portuarias cuenten con la información y los medios necesarios para la óptima toma de decisiones que coadyuven a mejorar los niveles de eficiencia de los sistemas portuarios.
  
  
• INSTITUTO NEERLANDES DE ECONOMÍA (NEI) DE ROTTERDAM–HOLANDA.
  Institución que cuenta con 60 años de experiencia a nivel mundial en transporte. Nuestra asociación con NEI involucra apoyo tecnológico y personal especializado para cada proyecto que ejecutamos.
  
  
• EL COMITÉ ANDINO DE AUTORIDADES DE TRANSPORTE ACUÁTICO (CAATA) DE LA COMUNIDAD ANDINA.
  Miembro Observador.
  
  
• RECONOCIMIENTO OFICIAL como ORGANIZACIÓN DE PROTECCIÓN RECONOCIDA – OPR de la AUTORIDAD PORTUARIA NACIONAL APN. Perú.
  
  
• REGISTRO MERCANTIL DE LA REPÚBLICA DE GUATEMALA, C.A.
  Autorización para asesoría y capacitación en materias portuarias y marítimas. Patente de Comercio de Empresa Nº 333336.
  
  
• RECONOCIMIENTO OFICIAL DEL MINISTERIO DE TRANSPORTES Y COMUNICACIONES (MTC).
  Como asociación dedicada a la investigación, difusión y capacitación en las áreas del Transporte Marítimo y Multimodal.
  
  
• REGISTRO DE ASOCIACIONES RELACIONADAS A LA ACTIVIDAD ACUATICA DE LA DIRECCIÓN GENERAL DE CAPITANÍAS Y GUARDACOSTAS - DICAPI.
  
  
• INSTITUTO NACIONAL DE DEFENSA DE LA COMPETENCIA Y DE LA PROTECCIÓN DE LAS PROPIEDAD INTELECTUAL (INDECOPI).
  En el marco del Programa de Saneamiento y Fortalecimiento Patrimonial de las Empresas, establecidas mediante DU 064-99, se firmó el respectivo convenio nombrando a INDESMAR como fedatario de INDECOPI.